SMP Makarya Jakarta didirikan pada bulan Juli 1987 bersamaan dengan Penerimaan Siswa Baru (PSB). Pada waktu itu lokasinya masih berupa kebun dengan pohon kelapa dan empang.
PSB dilaksanakan di sebuah rumah penduduk. Karena awal tahun pelajaran baru ruang belajar belum siap, maka Penataran P4 bergabung dengan SMP N. 87 Pondok Pinang.
Gedung SMP Makarya Jakarta pertama terletak di Jl. Ciputat Raya Gg. Harun Tanah Kusir Kebayoran Lama Jakarta Selatan (memiliki 3 lokal) yang ditempati bersama SMEA Makarya 1 .
Jumlah siswa pada tahun ajaran pertama sebanyak 46 siswa, jumlah guru dan karyawan 16 orang.
Pada tahun 1988 SMEA Makarya 1 (Pasar Jumat) digabung dengan SMEA Makarya 2, menjadi SMEA Makarya sehingga SMP Makarya dipindah/menumpang di SMT Grafika (Pasar Jumat). Jumlah siswa pada wakatu itu sebanyak 95 orang dengan guru dan karyawan 17 orang.
Kemudian pada tahun 1989/1990 siswa yang masuk di SMP Makarya jumlahnya di luar perkiraan sehingga kegiatan belajar mengajar dibagi 2 yaitu siswa kelas 1 dan kelas 3 di Pasar Jumat, sedangkan siswa keals 2 di Tanah Kusir. Hal ini dilakukan karena gedung yang dibangun, ruangannya tidak mencukupi.
Pada tahun ajaran 1990/1991 SMP Makarya pindah kembali ke Tanah Kusir dengan menumpang sementara di gedung SMEA Makarya. Karena seringnya berpindah-pindah lokasi dan jumlah siswa yang semakin banyak maka Yayasan Pendidikan Makarya kemudian membangun gedung untuk SMP Makarya yang letaknya tidak jauh dari gedung SMEA Makarya.
Sejalan dengan perkembangan SMP Makarya, Yayasan Pendidikan Makarya menyempurnakan gedung, fasilitas belajar mengajar dan pembinaan terhadap guru dan karyawan. Hal itu dilakukan untuk meningkatkan mutu pendidikan SMP Makarya.
Dilihat dari perkembangan tahun ke tahun calon siswa yang mendaftar di SMP Makarya Jakarta terus mengalami peningkatan sehingga calon siswa tidak dapat diterima semua (Grafik Penerimaan Siswa Baru).

